Lors de ses premiers championnats du monde de ski en 2001 à St. Anton am Arlberg , il a étonnamment terminé troisième en ski alpin derrière les deux Autrichiens Hannes Trinkl et Hermann Maier et a remporté la médaille de bronze. Il a ensuite pu confirmer sa performance avec deux deuxièmes places dans les descentes en Norvège. Il a été mis à l'écart pendant deux ans en raison d'une grave blessure au genou qu'il a subie à l'automne de la même année. Il a célébré son plus grand succès aux Championnats du monde de ski à Bormio en 2005 , lorsqu'il a remporté la médaille d'or dans la compétition par équipes et a également obtenu la sixième place en Super-G et la 12e place en descente. Il a été six fois champion d'Allemagne dans les disciplines descente (2), slalom (1) et super-G (3).
En raison de problèmes constants au genou, Florian Eckert a annoncé sa retraite en tant que coureur de ski le 14 septembre 2005. En mars 2010, il est diplômé de l' Université des sciences appliquées de Munich avec un diplôme en ingénierie de précision . Au sein du comité d'organisation des Championnats du monde de ski alpin 2011 à Garmisch-Partenkirchen , il a été directeur de course pour les compétitions masculines.
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